Gangguan siklus menstruasi merupakan keluhan yang paling umum dari remaja. Siklus menstruasi yang tidak teratur atau tidak normal dapat mengganggu sistem hormonal organ reproduksi. Penyebab siklus menstruasi yang tidak normal dapat dipengaruhi oleh tingkat stres yang dialami oleh remaja. Tujuan penelitian untuk mengetahui hubungan tingkat stres dengan gangguan siklus menstruasi pada remaja di MA Pondok Pesantren Ibnul Qoyyim Putri Yogyakarta. Jenis penelitian kuantitaif dengan pendekatan cross sectional. Populasi adalah seluruh siswi kelas XII di Madrasah Aliyah Ibnul Qoyyim Putri Yogyakarta berjumlah 54 siswi. Sampel sebanyak 35 orang, diambil dengan teknik simple random sampling sesuai dengan kriteria inklusi. Analisis data dilakukan secara univariat dan bivariat. Hasil penelitian diperoleh mayoritas responden memiliki tingkat stres ringan sebanyak (34,2%) dan yang memiliki siklus menstruasi polygomenorrhea sebanyak (31,4%). Hasil uji Spearman rho diperoleh p-value 0,006<0,05 yang artinya ada hubungan tingkat stres dengan gangguan siklus menstruasi pada remaja di Madrasah Aliyah Pondok Pesantren Ibnul Qoyyim Yogyakarta.